IgA Nephropathy מתאפיינת בשקיעה של נוגדנים מסוג IgA בתוך הגלומרולים. הטיפול במחלה משתנה מאוד, בהתאם למצב המחלה והאופן בו היא באה לידי ביטוי. 

למרות שלטיפול ספציפי מוקדם עשויה להיות השפעה על ההפרעה החיסונית הגורמת להצטברות נוגדני ה-IgA ושקיעתם בגלומרולים, המנגנון המוביל להתקדמות המחלה ככל הנראה אינו קשור בכך. לכן, נשאלת השאלה האם יש מקום למתן טיפול מדכא חיסון לחולים עם IgAN. בכל חולה יש לשקול את הסיכונים מול התועלת הצפויים מטיפול מדכא חיסון.

בחולים עם דם סמוי בשתן בלבד, ללא חלבון בשתן, או עם הפרשת חלבון בשתן של עד 1 גרם ליממה, ללא יתר לחץ דם ועם תפקוד כלייתי תקין, עם או בלי אירועים של דם גלוי בשתן, אין צורך לתת טיפול ספציפי למחלה.

בחולים עם הפרשת חלבון בשתן מעל 1 גרם ליממה, עם דם סמוי בשתן, אך ללא תסמונת נפרוטית, מקובל לתת טיפול לא ספציפי להורדת החלבון בשתן, על-ידי תרופות מקבוצת מעכבי האנזים המהפך (ACE inhibitors) או קבוצה דומה של תרופות ממשפחת ה-ARB. מטרת הטיפול היא להפחית את הפרשת החלבון בשתן לערכים של פחות מ-0.5 גרם ליממה ולאזן את לחץ הדם באופן אופטימלי לערכים של פחות מ-125/75. אם הפרשת החלבון בשתן נמשכת למרות הטיפול, ניתן לנסות ולהוסיף לטיפול שמן דגים למשך כ-6 חודשים.

בחולים אצלם קיימת הפרשה מתמדת של חלבון בשתן למרות הטיפול, או בחולים עם ירידה בתפקוד הכלייתי, מנסים טיפול בסטרואידים. מתחילים פרדניזון במינון גבוה של כ-40 מ"ג ליממה דרך הפה, ויורדים בהדרגה במינון. ממשיכים בטיפול בין 6 חודשים ועד לשנתיים. ישנן עדויות במספר עבודות, כי טיפול בסטרואידים יכול להפחית את הפרשת החלבון בשתן, אולם אין עדיין מידע חד משמעי לגבי השפעת הטיפול על התפקוד הכלייתי בטווח הארוך.

בחולים המפתחים אי ספיקת כליות כבר באבחנה, עם מהלך מהיר של המחלה, נדרש לעיתים טיפול אגרסיבי עוד יותר, המשלב פרדניזון במינונים גבוהים עם תרופה מדכאת חיסון, כמו ציקלופוספמיד. טיפולים אלו נשמרים רק לחולים עם מחלה קשה ביותר, כאשר כל שאר הטיפולים נכשלו.

בחולים המפתחים אי ספיקת כליות סופנית, יש לטפל בטיפול כלייתי חליפי, כמו דיאליזה או השתלת כליה. משקעי IgA חוזרים בכ-60% מהכליות המושתלות, תוך זמן קצר מן ההשתלה, אולם הסיכון לכך עולה עם הזמן. בטווח הקצר שקיעת ה-IgA אינה גורמת לפגיעה כלייתית. כ-5% מהחולים עם שקיעת IgA בשתל, מתפתחים יתר לחץ דם והפרשת חלבון בשתן כעבור 5 שנים והתוצאות גרועות משמעותית כעבור 10 שנים מההשתלה או בהשתלה חוזרת. רק חולים מעטים יחסית מאבדים את השתל עקב הישנות של IgAN בשתל.