דכאון מהווה סיבוך מאוחר שכיח לאחר שבץ מוחי ועלול לפגוע באופן ניכר בשיקומו של החולה. זיהוי מוקדם של הדיכאון הינו חשוב ועשוי לתרום לחזרה לתפקוד ולעצמאות. הטיפול המקובל הינו בתכשירים נוגדי דכאון ממשפחת הSSRI. חשוב לזכור כי רוב התכשירים מתחילים להשפיע רק לאחר כשבועיים -שלושה ולכן אין להפסיקם קודם עקב אי שיפור בסימפטומים. לא הוכח כי קיימת יעילות לטיפול נוגד דכאון מניעתי בחולים לאחר שבץ.