עובדים רבים במשק מודעים לעובדה כי הם זכאים לפטורים שונים ממס הכנסה בשל מחלה שחלו בה, אך הם אינם יודעים בדיוק מה קובע החוק ומהו גובה ההחזר המגיע להם.   פטור מלא ממס על הכנסות מעבודה ושלא מעבודה   החוק קובע כי מי שיש לו נכות בגובה 100% בשל מחלה אחת או נכות בגובה 90% בשל מספר מחלות שונות, זכאי לפטור מלא מתשלומי מס הכנסה (אם הנכות היא בגובה 89%, מעגלים אותה כלפי מעלה). מצב זה מתאים למספר רב של מחלות כגון גידולים ממאירים, סרטן וסיבוכים שונים עקב סוכרת. תקרת הפטור מהכנסות על עבודה עומדת על 594,000 ש"ח לשנה ואילו על הכנסות שלא מעבודה או עבור מי שהייתה לו נכות זמנית של בין חצי שנה לשנה , על תקרה של עד 71,180 ש"ח.   בנוסף לפטורים מהכנסות אלו, ישנו גם פטור על מס בגין הפקדה בתוכניות חיסכון, פיקדונות וקופות גמל, זאת עד לתקרה של 254,040 ש"ח. (הסכומים הנ"ל נלקחו מאתר רשות המיסים ,נכונים לשנת המס 2012, ועשויים להשתנות).   כיצד מקבלים את הפטור?   על מנת לקבל את הפטור ממס הכנסה, יש לשלוח אל פקיד השומה האזורי מספר טפסים שבסופם יזומן המבקש לוועדה רפואית : טופס בקשה לפטור ממס (טופס 1516) ,טופס בקשה לוועדה רפואית (169א), אגרה ששולמה למוסד לביטוח לאומי עבור הוועדה, טופס ויתור על סודיות רפואית (טופס 169ב) וכל מידע רלוונטי אחר שנוגע למחלה (לדוגמה, חוות דעת רפואית).   מכיוון שתהליך קבלת אחוזי הנכות על ידי וועדה רפואית הוא תהליך ארוך יחסית, יש להיעזר בסבלנות. כמו כן, ניתן לציין בפני הוועדה ליקויים נוספים אשר התפתחו עקב המחלה העיקרית. למשל, טחורים, אובדן שיניים או בקע, כל זאת על מנת להגדיל את אחוזי הנכות ולהגדיל את הסיכויים לקבלת הפטור.   במידה בה הוועדה קבעה 90% נכות ומעלה, פקיד השומה ינפיק עבור המבקש אישור "קביעת אחוזי נכות" עליו ניתן לבקש החזרי מס באופן רטרואקטיבי עד שש שנים אחורה. על מסקנות הוועדה ניתן לערער עד 45 יום לאחר הקביעה הראשונית. על מנת לערער, יש לבקש מפקיד השומה שובר תשלום עבור ועדה רפואית לערערים ולצרף מכתב ערר מנומק עם כל אסמכתא רפואית רלבנטית, כולל ליקויים רפואיים שלא נידנו בוועדה הראשונה   פטורים נוספים   ישנם מספר פטורים נוספים הניתנים ישירות לאדם החולה או למעבידו : סכומים המשמשים לאחזקת רכב של נכה רגליים מוכרים כהוצאה מוכרת מי שחלה עקב פגיעות מלחמה, חיים באזורי ספר או נפגע בפעולת איבה, זכאי לפטור מתשלום מס על קצבאות נכות  פטור ממס נוסף קיים על פיצויים חד פעמיים שאדם קיבל בשל חבלה או מוות   במקרה ובו עובד רוכש ישירות ביטוח כנגד אובדן כושר עבודה או שהמעביד רוכש בעבורו ביטוח שכזה, ההוצאות על הביטוח מוכרות כהוצאה מוכרת עד לגובה של 2.5% מהשכר.