שתי הבדיקות הנפוצות להדמיה אנטומים של המוח ולזיהוי תהליכים פתולוגיים הינם בדיקת הטומוגרפיה הממוחשבת-CT ובדיקת התהודה המגנטית-MRI. אין ספק כי בדיקת MRI הינה מדויקת יותר ומסוגלת להדגים את המוח ברזולוציה טובה הרבה יותר. הבדיקה גם יעילה להדגמת איזורים מסוימים כגון החומר הלבן (חיוני להדגמה בחשד לטרשת נפוצה) והגומה האחורית (המוחון וגזע המוח) שאינם מודגמים היטב בבדיקת הCT. יתרון אחר הינו העדר הקרינה בבדיקה שכן הבדיקה איננה כרוכה בחשיפה לקרינת רנטגן. לעומת זאת, בדיקת הMRI הינה יקרה הרבה יותר וזמינה הרבה פחות.. המספר הנמוך של המכשירים בארץ גרם לתורים ארוכים ולקושי באישור הבדיקה על ידי הקופות. חיסרון נוסף של הבדיקה הינה אורכה והצורך בשיתוף פעולה של החולה כך  שתינוקות או חולים מבולבלים וחסרי שקט לא יוכלו לבצע את הבדיקה אלא רק בהרדמה מלאה, בנוסף חולים עם שתל מתכת בגוף לא יוכלו לעבור את הבדיקה עקב החשיפה לאנרגיה מגנטית חזקה. לעומת זאת,  בדיקת הCT הינה זולה, זמינה ונמשכת מספר דקות בלבד. במצבים מסוימים כגון שלילת דמם תוך מוחי בחולה המועמד לטיפול ממיס קרישי דם היא יעילה מאוד.
לסיכום, למרות היתרונות הברורים של בדיקת הMRI לא תמיד קיימת הצדקה מלאה להעדיף אותה על פני הCT. אולם במצבים מסוימים  כגון חשד קליני לטרשת נפוצה או אישה הרה הרוצה להמנע מקרינה, אין ספק כי בדיקת הMRI הינה בדיקת הבחירה.