מחלת כליה כרונית פעמים רבות משנית למחלות אחרות, והשכיחות ביותר הן סכרת ויתר לחץ דם. בכדי למנוע התפתחות מחלה כליה כרונית, יש צורך לטפל בצורה אופטימלית במחלות הרקע, לאזן את הסכרת, לאזן את לחץ הדם. יש לטפל בגורמי הסיכון הנוספים, כגון השמנה, עודף שומנים בדם. יש להקפיד על פעילות גופנית סדירה ומתונה. יש להמנע מכל תכשיר שעלול לגרום לנזק לכליות, במיוחד בחולים עם גורמי סיכון לפתח מחלת כליה.