לרוב הנשים החולות במחלות אלו יש לידות רגילות ותינוקות בריאים, בערך באותו השיעור כמו נשים בריאות באוכלוסייה הכללית. בעיות בזמן ההריון מתרחשות לרוב אצל נשים עם מחלת קרוהן פעילה. לנשים אלו יש סיכוי גבוה יותר ללידה מוקדמת, מות עובר, או הפלה טבעית. אם התסמינים מחמירים ודורשים ניתוח, הסיכון לעובר הינו גבוה אף יותר. מספר מחקרים הראו כי שיעור הניתוחים הקיסריים בנשים עם מחלת מעי דלקתית הינו גבוה יותר, אולם זוהי למעשה תוצאה מבחירה של הרופאים והמטופלים ולא בהכרח כתוצאה מצורך רפואי.